El Consejo Catalán de la Producción Agraria Ecológica (CCPAE) se creó en el año 1994, mediante el Decreto 28/1994, inicialmente como órgano desconcentrado del entonces Departamento de Agricultura, Ganadería y Pesca, a fin de ejercer las funciones de autoridad única de control de los productos procedentes de producción agraria ecológica en Cataluña.
Mediante la Ley 15/2000, de 29 de diciembre, se procedió a dotarlo de la naturaleza de corporación de derecho público con personalidad jurídica propia, autonomía económica y plena capacidad de obrar, para adaptarlo al cumplimiento de las funciones derivadas del régimen aplicable a la producción agraria ecológica y su indicación en los productos agrarios y alimenticios que establece el Reglamento (CEE) 2092/91, del Consejo, de 24 de junio de 1991).
El Decreto 180/2001, de 26 de junio (modificado por el Decreto 269/2001, de 9 de octubre) aplicó este cambio de naturaleza y modificó la estructura y adaptar las funciones del Consejo al nuevo contexto jurídico y también al cumplimiento los requisitos marcados por la norma europea eN 45011 (o su equivalente internacional ISO 65), que establece los criterios generales que deben cumplir los organismos de certificación de producto.
